滨州医学院附属医院开诊于1977年10月；1995年5月被确认为三级甲等医院，成为第一轮次评审全国最年轻的三甲综合医院，也是当时鲁北地区唯一的三级甲等医院；2015年12月成为山东省首批7家省级区域医疗中心之一；2020年7月与滨州医学院第一临床医学院合署。2021年12月医院以优异成绩通过新一轮医院等级评审。建院以来坚持医疗、教学、科研并重，各项事业实现了又好又快发展，牢固确立了在黄河三角洲地区的医疗、教学、科研、康复和急救中心地位。
医院（学院）现有国家临床重点专科建设项目1个、省临床重点专科22个、省临床精品特色专科3个、省中医药临床重点专科2个、省孕产期保健特色专科1个、省医药卫生重点学科2个、省医药卫生重点实验室1个、省高等学校重点实验室1个、省临床医学研究中心分中心6个；有7门学科进入2021年度中国医院科技量值（STEM）百强榜医院；是国家卫生健康委脑卒中筛查与防治基地医院、国家消化道早癌防治中心联盟单位、国家骨科手术机器人应用中心创建单位、全国首批消化道肿瘤MDT试点医院、全国首批加速康复外科（ERAS）骨科试点医院、全国首批肺癌规范诊疗质量控制试点单位、全国首批肝癌规范诊疗质量控制试点单位、全国首批手功能康复专科培训基地。现有职工3845人，其中高级职称641人，博士、硕士1480人；有享受国务院政府特殊津贴专家4人、“泰山学者”等省级重点人才项目获得者15人，“渤海英才·杰出贡献专家”等市级人才项目获得者72人。成功获批博士后科研工作站。
滨州医学院附属医院1998年被认定为省级住培基地，2014年获批为首批国家住院医师规范化培训基地，设立26个专业基地。现拥有建筑面积12000余平方米的临床技能实训中心、OSCE考试及AHA培训考核中心，拥有全功能模拟病人-SimMan、OSCE智能化考核管理平台、腹腔镜模拟训练系统、3D打印、全息投影眼镜、高智能分娩机转示教模型、数字式手术教学转播系统等培训设施设备，可实现模拟训练、信息化教学、标准化病人（SP）应用及OSCE考核等功能。医院高度重视住院医师培训工作，建立了完整规范的住院医师规范化培训体系，全面实施“模块式一体化管理”培训模式，以“岗位胜任力”为核心目标，设置招录、岗前、轮转、集训、考核、评价六大模块，加强住院医师精细化管理。通过mini-CEX、360评价、“院级双督导”、腾讯问卷等形式实现全过程质量监控，持续提升住培质量。