MBA(工商管理硕士）和MEM(工程管理硕士)、MPA（公共管理）的主要区别在于培养目标、课程设置、就业方向、适宜人群等方面都有所不同。第一、培养目标上。MBA的培养目标是培养具有较高的道德情操、全球化视野、系统的管理知识、综合运用知识和自主创新的能力，能够胜任工商企业和经济管理部门高层管理工作需要的管理人才。MEM的培养更注重于技术专长、社会经验、项目管理和设计／开发等，同时适度补充财务和市场方面的知识，以及增长国际交流经验，工程管理硕士主要是为广大的工程技术骨干人员向工程项目管理者转变提供了一条较为有利的发展路径。
MPA学位教育的培养目标是培养从事公共事务管理和公共政策研究与分析等方面的高级应用型人才，为政府机关和非营利的非政府公共机构培养具有现代化公共管理理论和公共政策素养，掌握先进分析方法及技术，精通某一具体政策领域的专业化管理者、领导者和政策分析人才，以及(中高级)职员。培训对象是政府机关或非政府公共机构有实践经验的在职人员第二、课程设置上。MBA更侧重于综合管理、市场营销、财务会计等内容，具体包括管理经济学、战略、市场营销、组织行为学、人力资源管理、会计、公司财务、运营、数据模型与决策、管理沟通、统计等知识体系。MEM注重向学生提供对内在的和共同的管理知识的理解，如系统工程、全面质量管理、生产管理、产品设计和过程设计管理等；注重向学生提供不同管理层面管理工程功能所需的知识和技巧。
MPA更注重公共管理方向的课程，如政府行政管理与创新、公共政策与决策管理、公共事业与城市管理方向：公共部门人力资源管理、公共部门绩效管理方向、公共部门人力资源管理、公共部门绩效管理方向、教育行政管理方向第三、就业方向上。MBA就业面广，IT、金融、咨询、医疗、新能源、消费品、互联网等行业均有涉足。
MEM就业偏向于房地产、制造业、电子计算机等专业性质较强的行业。
MPA就业行政管理、公共事业管理、劳动与社会保障、土地资源管理
第四，学费和难易程度上。
MBA的学费要贵一些，面试难度也较MEM及MPA难一点，但是最近两年MEM的笔试国家线要比MBA和MPA的高一些。