1.两者的学费不同。根据相关公告，浙江省委党校的在职研究生学费为10000元/年，四川省委党校在职研究生为6000元/年，云南省委党校在职研究生为6000元/年，贵州省委党校在职研究生的学费也是6000元一年。相比较于其他211/985高校，其在职研究生一年基本都在一万元以上，甚至两万、三年，学费更便宜一些，相当于全日制的研究生学费
2.两者的承认范围不同。就如同上面所说的，党校的在职研究生学历只是在体制内适用，在体制外并不适用。而其他高校的在职学历，在体制外也是适用的，就算是外企、私企也是照样承认。
3.学习的朋友圈不同。党校内学习，其同学都是从全省各个单位的体制内来的，既有省级的，也是市级的，还有区级的，而且很多地方省委党校的招生公告并不公开，只是在体制内进行传播。在高校中学习，同学是来自五湖四海的，既有机关单位，也是企业老总。
4.专业的设置也有差异。党校一般在研究生专业设置的大部分包含：经济管理、文化管理、公共管理、法学等方面。而在高校中设置的在职研究生专业就非常丰富了，各种各样的都有，特别是MBA、MPA等。
总结：在体制内进行学历提升一方面既要根据自己的需要，另外一方面也要照顾好自己的工作内容、经济条件等因素，选择自己合适的才是最好的。